El cerebro humano se ha desarrollado a través de tres etapas fundamentales. Disponemos de tres cerebros superpuestos que funcionan en conjunto a través de haces nerviosos interconectados por millones de redes.
El cerebro más antiguo es el arquicerebro, también llamado reptiliano porque es el que compartimos con los reptiles y animales marinos.
Tiene 500 millones de años. Las funciones de este cerebro antiguo explica conductas humanas y miedos atávicos.
Este cerebro primitivo permite unos comportamientos estereotipados, programados por aprendizajes ancestrales. Domina ciertos comportamientos primitivos, como el establecimiento y la demarcación del territorio, la caza, el celo, el acoplamiento, el aprendizaje estereotipado de la descendencia, el establecimiento de las jerarquías sociales, la selección de los jefes, la fuga o la lucha, el hambre o la sed.
Se trata de un mecanismo que carece de poder de adaptación para el aprendizaje de un comportamiento distinto en presencia de una situación nueva e inesperada.
La siguiente capa, la capa media, la constituye el cerebro paleomamífero o selvático, que agregó funciones que poseen los mamíferos selváticos pero no los reptiles; es conocido también como cerebro límbico, porque su función está íntimamente ligada al desarrollo y función del sistema límbico.
Continúa funcionando en el hombre a un nivel instintivo, y sus conexiones estrechas con el hipotálamo muestran que se ve obligado a jugar un papel esencial en las expresiones emocionales tales como el miedo, la cólera, el amor, la alegría, etc., sentimientos que caracterizan a unas situaciones tanto individuales como de grupo.
El sistema límbico cumple un papel importante en la fijación de las sensaciones memorizadas. Está relacionado con la memoria, atención, instintos sexuales, emociones (por ejemplo placer, miedo, agresión), personalidad y la conducta.
La capa más externa la constituye el denominado cerebro humano, o neocórtex, o neocerebro, que solamente el homo sapiens sapiens ha desarrollado. Es la última etapa de la evolución, hasta ahora.
Esta capa envuelve a las otras dos. Su desarrollo es mayor en la medida en que la especie es más capaz de efectuar adaptaciones originales respecto al medio ambiente.
Esta zona asociativa permite la aparición de actividades estereotipadas y constituye la base funcional de la imaginación creadora de nuevas estructuras funcionales, de actividades nerviosas más complejas, menos dependientes directamente del medio ambiente.
El neo encéfalo actúa con prospectiva. Imagina el futuro, y trata de conformar el presente a su imaginaria construcción. Formula hipótesis de trabajo, y experimenta para tratar de conformarlas. Somos los seres de más alta complejidad; mucho más atrás en el desarrollo evolutivo vienen algunos primates avanzados, los cetáceos y los elefantes.
Es entonces nuestro neoencéfalo o neocórtex el que nos hace verdaderamente humanos, porque de los tres cerebros (arqui, paleo y neo) es el único con capacidad de abstracción, y de asimilar que existe un pasado, que existe un presente y de pensar que existe un futuro, que tendemos a verlos como incierto, porque estamos influidos por estructuras especializadas ancestralmente en detectar amenazas.
Somos la única especie capaz de conocer y gestionar las emociones, de tener consciencia de nuestros actos y de sentir miedo ante amenazas futuras, y pensamos que somos los únicos que podemos concebir la muerte y hacernos preguntas como quiénes somos, de dónde venimos y hacia donde vamos. De acuerdo con la actuales investigaciones neurocientíficas sólo el ser humano puede hacerse preguntas como: ¿qué hay después de la muerte? Se debe a la complejidad de su cerebro, que tiene mecanismos neurológicos que nos obligan a creer que hay algo después de morir. Esto tiene relación con una condición de nuestro cerebro humano: ser narrativos y tender inevitablemente a elaborar historias que justifiquen nuestros comportamientos o que respondan hasta aquellas preguntas cuyas respuestas aún no tenemos. Esto explicaría nuestra creencia en el "Más Allá": hemos inventado una historia agradable ante lo desconocido, porque nos hace sentir mejor con nosotros mismos.
Lo cierto es que las actividades del pensar humano siempre implican a toda la actividad del sistema nervioso central, aunque ciertamente el procesado más elaborado (el intelectual-cognitivo-reflexivo) sólo se puede llevar a cabo en las áreas corticales más modernas ubicadas en la zona cortical frontal prefrontal, mientras que las emociones o instintos (casi siempre transformados, principalmente a través de las áreas neocorticales, en pulsiones en el ser humano) tienen un "relé" o área principal de procesamiento en el sistema límbico.
Existen también actividades de nuestro cerebro que dan explicación a fenómenos como las experiencias místicas o cercanas a la muerte. La estimulación de los lóbulos parietal y temporal es responsable de que alucinemos, o de los viajes astrales, e incluso de que podamos escuchar una voz externa la cual podemos identificar (si somos creyentes) con la voz de Dios. "Son muchos los trastornos relacionados con la percepción personal (somatrofenia, autoscopia, sensación de presencia…) que tienen su raíz en los procesos cerebrales: esto prueba que el poderoso cerebro del ser humano es algo complejísimo que aún tiene enormes territorios que desconocemos.
Hablando del desarrollo evolutivo del cerebro podríamos preguntar a los defensores del teísmo cuando y de qué manera el primer cerebro humano recibió o albergó la primera alma y como ese primer humano era descendiente de padres no humanos (desalmados).